heart_1k_v3 — Cell Ranger

Shown here are the total UMI counts for each cell-barcode. Cells with greater UMI counts likely have higher RNA content than cells with fewer UMI counts. The axes correspond to the 2-dimensional embedding produced by the t-SNE algorithm. In this space, pairs of cells that are close to each other have more similar gene expression profiles than cells that are distant from each other. The display is limited to a random subset of 10000 cells.

t-SNE Projection of Cells Colored by UMI Counts

These are the assignments of each cell-barcode a clusters by an automated clustering algorithm. The clustering groups together cells that have similar expression profiles. The axes correspond to the 2-dimensional embedding produced by the t-SNE algorithm. In this space, pairs of cells that are close to each other have more similar gene expression profiles than cells that are distant from each other. The display is limited to a random subset of 10000 cells and K-means up to K=20. Please use Loupe(tm) Cell Browser to view the entire dataset.

t-SNE projection of Cells Colored by Automated Clustering

The differential expression analysis seeks to find, for each cluster, genes that are more highly expressed in that cluster relative to the rest of the sample. Here a differential expression test was performed between each cluster and the rest of the sample for each gene. The Log2 fold-change (L2FC) is an estimate of the log2 ratio of expression in a cluster to that in all other cells. A value of 1.0 indicates 2-fold greater expression in the cluster of interest. The p-value is a measure of the statistical significance of the expression difference and is based on a negative binomial test. The p-value reported here has been adjusted for multiple testing via the Benjamini-Hochberg procedure. In this table you can click on a column to sort by that value. Also, in this table genes were filtered by (Mean UMI counts > 1.0) and the top N genes by L2FC for each cluster were retained. Genes with L2FC < 0 or adjusted p-value >= 0.10 were grayed out. The number of top genes shown per cluster, N, is set to limit the number of table entries shown to 10000; N=10000/K^2 where K is the number of clusters. N can range from 1 to 50. For the full table, please refer to the "differential_expression.csv" files produced by the pipeline.

Top Genes By Cluster (Log2 fold-change, p-value)

Gene ID	Gene name	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value
		Cluster 1		Cluster 2		Cluster 3		Cluster 4		Cluster 5		Cluster 6		Cluster 7
ENSMUSG00000104876	Trdc	3.16	3e-58	-3.03	6e-34	-6.03	2e-16	-0.14	1e+00	-2.09	5e-01	-0.40	1e+00	-5.28	3e-17
ENSMUSG00000040204	Pclaf	3.15	2e-68	-2.53	3e-31	-8.84	7e-28	-4.09	4e-10	-1.80	6e-01	0.25	8e-01	-2.80	6e-11
ENSMUSG00000076749	Tcrg-C1	3.00	6e-47	-2.66	2e-24	-6.30	1e-13	-0.21	1e+00	-1.36	9e-01	-0.47	1e+00	-4.55	1e-12
ENSMUSG00000027203	Dut	2.97	4e-67	-2.36	3e-30	-8.73	5e-29	-1.58	5e-03	-2.70	2e-01	-1.21	2e-01	-1.57	5e-05
ENSMUSG00000055612	Cdca7	2.84	7e-56	-2.77	1e-33	-5.04	4e-16	-0.78	3e-01	-0.91	1e+00	0.44	5e-01	-3.11	1e-11
ENSMUSG00000001228	Uhrf1	2.84	1e-58	-2.29	5e-27	-7.70	8e-23	-1.27	4e-02	-1.99	5e-01	-0.18	1e+00	-2.31	2e-08
ENSMUSG00000005410	Mcm5	2.82	9e-57	-1.92	6e-20	-7.17	3e-20	-3.86	1e-08	-2.46	3e-01	-0.07	1e+00	-2.35	3e-08
ENSMUSG00000076752	Tcrg-C2	2.74	6e-41	-2.45	6e-22	-6.30	1e-13	0.36	6e-01	-4.18	2e-01	-0.54	9e-01	-4.55	1e-12
ENSMUSG00000020649	Rrm2	2.58	2e-44	-3.05	2e-37	-3.35	4e-11	-3.80	3e-08	-1.30	9e-01	0.89	1e-01	-0.69	2e-01
ENSMUSG00000041859	Mcm3	2.52	5e-47	-1.64	2e-15	-6.27	3e-19	-2.68	1e-05	-2.56	3e-01	-0.29	1e+00	-1.79	1e-05
ENSMUSG00000032397	Tipin	2.51	4e-48	-1.43	8e-13	-5.67	1e-18	-3.05	7e-07	-4.14	6e-02	-0.92	4e-01	-1.89	2e-06
ENSMUSG00000023132	Gzma	2.49	5e-22	-1.79	1e-08	-6.88	7e-13	0.03	1e+00	-2.64	8e-01	-0.96	9e-01	-4.81	2e-10
ENSMUSG00000029730	Mcm7	2.49	1e-48	-2.16	2e-25	-7.67	3e-23	-1.41	1e-02	-1.45	7e-01	0.49	4e-01	-1.61	4e-05
ENSMUSG00000025747	Tyms	2.48	2e-44	-1.71	3e-16	-4.83	1e-16	-3.33	2e-07	-1.05	1e+00	0.48	5e-01	-2.70	6e-10
ENSMUSG00000029687	Ezh2	2.47	6e-47	-2.22	4e-26	-7.75	2e-23	-0.49	6e-01	-1.23	9e-01	0.06	1e+00	-1.74	1e-05
ENSMUSG00000032011	Thy1	2.45	2e-48	-3.23	3e-49	-8.51	4e-28	0.98	9e-03	-0.65	1e+00	0.24	8e-01	-6.77	3e-30
ENSMUSG00000024338	Psmb8	2.44	6e-49	-2.55	6e-35	-6.52	3e-25	0.92	2e-02	-1.22	8e-01	-0.85	4e-01	-4.77	3e-23
ENSMUSG00000022881	Rfc4	2.43	4e-39	-1.73	6e-15	-6.38	1e-15	-1.70	8e-03	-2.68	3e-01	-1.40	1e-01	-0.81	8e-02
ENSMUSG00000067367	Lyar	2.37	3e-42	-1.41	4e-12	-6.03	3e-18	-1.94	1e-03	-2.91	2e-01	-1.16	2e-01	-1.51	2e-04
ENSMUSG00000015749	Anp32e	2.36	4e-46	-2.35	5e-31	-5.85	7e-25	0.05	1e+00	-1.61	6e-01	-0.13	1e+00	-1.43	2e-04
ENSMUSG00000094777	Hist1h2ap	2.36	4e-39	-2.78	1e-33	-6.34	2e-20	-0.69	4e-01	-1.34	9e-01	1.63	4e-04	-3.00	4e-11
ENSMUSG00000026355	Mcm6	2.34	1e-42	-1.65	3e-16	-6.50	7e-21	-1.99	6e-04	-1.91	5e-01	-0.08	1e+00	-1.32	9e-04
ENSMUSG00000074476	Spc24	2.33	1e-41	-1.82	1e-18	-7.22	2e-20	-1.61	6e-03	-1.28	8e-01	-0.02	1e+00	-1.10	6e-03
ENSMUSG00000030707	Coro1a	2.32	3e-46	-2.83	7e-43	-8.46	3e-33	1.08	4e-03	-0.68	1e+00	-0.08	1e+00	-5.32	1e-28
ENSMUSG00000028333	Anp32b	2.32	4e-45	-1.46	3e-14	-4.18	7e-19	-1.14	5e-02	-2.38	3e-01	-1.58	5e-02	-1.70	6e-06
ENSMUSG00000056394	Lig1	2.26	4e-38	-1.30	2e-10	-6.31	3e-19	-3.64	5e-08	-1.86	5e-01	0.17	9e-01	-2.10	5e-07
ENSMUSG00000028832	Stmn1	2.26	2e-41	-1.49	2e-14	-7.16	1e-31	-1.02	1e-01	-2.79	2e-01	-1.20	2e-01	-1.30	9e-04
ENSMUSG00000045826	Ptprcap	2.24	2e-39	-2.60	1e-33	-6.96	4e-23	1.28	3e-04	-1.08	1e+00	-0.74	6e-01	-5.21	2e-22
ENSMUSG00000037894	H2afz	2.24	1e-42	-1.37	7e-13	-6.47	1e-31	-1.27	3e-02	-2.47	3e-01	-1.24	2e-01	-1.49	7e-05
ENSMUSG00000018189	Uchl5	2.24	3e-35	-1.60	1e-13	-4.95	3e-14	-0.75	3e-01	-2.42	3e-01	-0.85	5e-01	-1.18	6e-03
ENSMUSG00000027342	Pcna	2.23	1e-38	-1.79	3e-18	-6.61	4e-21	-1.74	3e-03	-1.39	8e-01	0.65	2e-01	-1.39	6e-04
ENSMUSG00000017716	Birc5	2.23	1e-36	-1.53	2e-13	-6.51	1e-21	-0.88	2e-01	-1.80	6e-01	-0.77	6e-01	-1.41	6e-04
ENSMUSG00000025364	Pa2g4	2.23	2e-42	-1.41	2e-13	-8.18	5e-27	-1.31	2e-02	-2.47	3e-01	-1.81	2e-02	-1.05	7e-03
ENSMUSG00000005481	Ddx39	2.23	2e-39	-1.75	5e-18	-7.32	2e-21	-0.65	4e-01	-1.73	5e-01	-0.23	1e+00	-1.23	2e-03
ENSMUSG00000023505	Cdca3	2.22	8e-36	-1.94	2e-19	-5.22	1e-16	-1.31	4e-02	-1.77	6e-01	0.14	1e+00	-0.66	2e-01
ENSMUSG00000005696	Sh2d1a	2.20	2e-30	-3.88	1e-44	-5.52	4e-15	1.67	7e-06	-0.58	1e+00	-0.15	1e+00	-6.36	7e-19
ENSMUSG00000025574	Tk1	2.20	9e-34	-1.33	4e-10	-6.49	3e-16	-3.67	5e-07	-2.78	3e-01	-0.32	1e+00	-0.97	3e-02
ENSMUSG00000029322	Plac8	2.19	4e-24	-1.43	3e-08	-6.93	4e-16	-0.38	1e+00	0.99	5e-01	-2.65	3e-02	-4.85	6e-14
ENSMUSG00000002870	Mcm2	2.18	7e-34	-1.40	4e-11	-5.59	1e-15	-2.08	8e-04	-2.15	4e-01	-0.33	1e+00	-1.08	1e-02
ENSMUSG00000042489	Clspn	2.17	9e-30	-2.37	1e-22	-5.02	2e-13	-2.64	1e-04	0.19	1e+00	1.75	2e-04	-2.13	7e-06
ENSMUSG00000030978	Rrm1	2.15	6e-37	-1.54	1e-14	-7.45	5e-22	-2.69	6e-06	-1.62	6e-01	0.31	7e-01	-0.97	2e-02
ENSMUSG00000033220	Rac2	2.15	2e-38	-2.61	9e-36	-8.59	2e-28	1.54	3e-06	-1.29	8e-01	-1.50	8e-02	-5.38	8e-26
ENSMUSG00000054717	Hmgb2	2.14	2e-39	-1.70	9e-19	-5.67	2e-28	-0.54	5e-01	-1.13	9e-01	0.47	5e-01	-2.19	7e-09
ENSMUSG00000053398	Phgdh	2.13	5e-37	-0.89	6e-06	-5.28	1e-19	-1.64	4e-03	-3.74	8e-02	-2.19	8e-03	-2.81	2e-11
ENSMUSG00000006715	Gmnn	2.13	1e-34	-2.09	1e-22	-4.10	6e-14	-2.07	5e-04	-0.73	1e+00	0.92	8e-02	-0.76	8e-02
ENSMUSG00000033685	Ucp2	2.12	2e-38	-2.00	5e-24	-2.56	9e-10	0.66	1e-01	-1.21	8e-01	-0.42	1e+00	-3.78	3e-18
ENSMUSG00000038482	Tfdp1	2.12	8e-33	-1.15	3e-08	-6.68	2e-17	-1.46	2e-02	-1.38	8e-01	-0.86	5e-01	-1.81	2e-05
ENSMUSG00000000782	Tcf7	2.12	7e-38	-3.85	7e-65	-7.70	3e-30	1.66	5e-07	-0.19	1e+00	0.12	1e+00	-5.53	2e-28
ENSMUSG00000031403	Dkc1	2.11	3e-32	-1.41	3e-11	-5.59	1e-15	-1.26	5e-02	-1.47	7e-01	-0.29	1e+00	-1.24	3e-03
ENSMUSG00000069272	Hist1h2ae	2.09	7e-29	-3.10	9e-36	-6.04	1e-17	-0.55	6e-01	-0.53	1e+00	2.20	5e-07	-3.78	2e-13
ENSMUSG00000019773	Fbxo5	1.82	2e-18	-2.63	3e-22	-5.61	1e-12	-2.01	9e-03	-0.01	1e+00	2.53	3e-08	-2.59	1e-06
ENSMUSG00000049539	Hist1h1a	1.74	1e-14	-3.89	3e-30	-5.86	2e-10	-0.41	1e+00	1.45	3e-01	2.56	1e-07	-3.52	8e-08
ENSMUSG00000001403	Ube2c	1.56	1e-17	-1.54	9e-13	-1.19	6e-03	-0.14	1e+00	-1.41	9e-01	0.12	1e+00	-0.72	1e-01
ENSMUSG00000068855	Hist2h2ac	1.55	2e-10	-2.27	1e-12	-5.03	1e-07	-1.71	8e-02	0.83	9e-01	2.59	5e-07	-2.08	1e-03
ENSMUSG00000022945	Chaf1b	1.55	3e-03	-1.07	1e-01	-5.82	7e-03	-1.21	1e+00	1.89	5e-01	-0.05	8e-01	-1.87	4e-01
ENSMUSG00000074071	Fam169b	1.50	2e-11	-3.07	5e-23	-5.82	2e-10	0.39	6e-01	1.05	6e-01	2.55	1e-07	-4.07	7e-09
ENSMUSG00000042029	Ncapg2	1.33	3e-11	-1.66	1e-11	-6.17	5e-13	-2.86	2e-04	0.06	1e+00	2.65	4e-10	-1.74	4e-04
ENSMUSG00000022372	Sla	1.31	2e-11	-3.77	1e-36	-6.01	8e-13	2.41	3e-13	0.68	8e-01	0.87	2e-01	-4.67	2e-12
ENSMUSG00000104413	Gm37065	1.31	3e-10	-3.44	8e-29	-5.62	8e-11	2.65	2e-15	-0.16	1e+00	0.09	1e+00	-5.88	3e-12
ENSMUSG00000022148	Fyb	1.28	2e-13	-3.08	2e-38	-6.70	4e-20	1.68	1e-06	1.72	7e-02	1.58	7e-04	-5.36	2e-20
ENSMUSG00000022468	Endou	1.23	2e-11	-3.88	3e-47	-5.52	7e-16	2.62	1e-17	0.44	1e+00	0.57	4e-01	-5.36	7e-18
ENSMUSG00000022014	Epsti1	1.22	3e-09	-2.24	2e-17	-5.80	2e-11	2.51	9e-14	-0.49	1e+00	-0.59	8e-01	-4.46	6e-11
ENSMUSG00000024670	Cd6	1.21	6e-07	-3.39	2e-22	-3.93	6e-07	2.44	2e-09	0.97	6e-01	0.79	3e-01	-5.77	8e-10
ENSMUSG00000037572	Wdhd1	1.16	4e-07	-1.92	2e-11	-5.24	8e-09	-0.70	6e-01	0.93	7e-01	2.54	1e-07	-0.96	1e-01
ENSMUSG00000046591	Ticrr	1.16	6e-06	-2.37	1e-12	-4.89	4e-07	-1.79	7e-02	0.98	7e-01	3.23	1e-11	-2.54	3e-04
ENSMUSG00000030775	Trat1	1.14	2e-08	-2.74	7e-24	-6.00	3e-12	2.47	2e-13	0.75	8e-01	0.55	5e-01	-5.25	9e-13
ENSMUSG00000015314	Slamf6	1.14	2e-08	-3.98	4e-39	-6.43	1e-13	1.57	9e-05	1.71	1e-01	2.39	1e-07	-5.09	2e-13
ENSMUSG00000037474	Dtl	1.05	6e-08	-1.72	1e-13	-5.81	6e-16	-0.70	5e-01	1.16	4e-01	2.69	9e-11	-2.06	1e-05
ENSMUSG00000053044	Cd8b1	1.05	1e-09	-5.65	7e-86	-6.80	4e-23	2.90	2e-24	0.81	6e-01	0.72	2e-01	-6.31	6e-26
ENSMUSG00000020297	Nsg2	1.02	1e-07	-3.55	9e-38	-5.47	1e-13	2.69	4e-18	0.78	7e-01	0.89	1e-01	-4.72	6e-14
ENSMUSG00000030745	Il21r	0.97	8e-05	-2.76	1e-16	-5.03	9e-08	2.66	7e-12	0.44	1e+00	0.97	2e-01	-5.29	1e-08
ENSMUSG00000001741	Il16	0.89	3e-05	-2.91	2e-23	-5.63	1e-10	2.54	1e-13	1.07	5e-01	1.35	2e-02	-4.88	6e-11
ENSMUSG00000015476	Prrt1	0.86	3e-04	-2.73	2e-17	-5.12	3e-08	2.47	1e-10	1.46	3e-01	1.26	6e-02	-3.78	3e-07
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ENSMUSG00000051747	Ttn	-8.38	4e-68	-2.60	2e-11	-2.23	9e-03	-7.50	2e-06	-0.30	1e+00	-6.73	5e-03	6.50	2e-76
ENSMUSG00000040752	Myh6	-8.42	3e-84	-2.41	5e-13	-2.34	1e-03	-8.31	7e-09	-2.51	1e+00	-6.53	6e-04	6.57	5e-101
ENSMUSG00000042985	Upk3b	-8.42	9e-48	9.60	8e-85	-6.81	2e-07	-5.31	1e-03	-4.69	8e-01	-5.54	3e-02	-7.06	2e-08
ENSMUSG00000026043	Col3a1	-8.72	1e-107	9.02	3e-176	-6.03	3e-13	-6.54	5e-09	-5.72	2e-01	-6.99	4e-05	-7.51	9e-19
ENSMUSG00000020469	Myl7	-8.72	7e-65	-2.23	5e-08	-4.64	1e-05	-7.28	2e-05	-6.66	7e-01	-6.18	2e-02	6.67	1e-69
ENSMUSG00000001506	Col1a1	-8.76	3e-88	9.43	9e-149	-7.44	7e-13	-7.53	5e-08	-5.10	5e-01	-6.76	9e-04	-8.28	3e-16
ENSMUSG00000023224	Serping1	-8.77	5e-54	9.37	7e-97	-5.57	4e-08	-5.08	8e-05	-2.45	8e-01	-4.30	1e-02	-5.83	6e-09
ENSMUSG00000030470	Csrp3	-8.78	4e-88	-3.88	2e-30	-4.44	4e-09	-5.83	2e-07	-2.46	8e-01	-5.05	1e-03	8.01	2e-160
ENSMUSG00000071984	Fndc1	-8.82	5e-47	10.42	4e-85	-5.63	5e-07	-5.13	4e-04	-3.51	7e-01	-4.35	3e-02	-5.88	1e-07
ENSMUSG00000018893	Mb	-8.84	1e-58	-6.35	9e-35	-4.22	7e-06	-6.74	2e-05	-1.64	1e+00	-4.96	2e-02	9.30	6e-127
ENSMUSG00000009281	Rarres2	-8.93	2e-62	9.79	6e-109	-7.32	9e-10	-6.83	9e-06	-5.20	5e-01	-6.05	6e-03	-5.99	2e-09
ENSMUSG00000022225	Cma1	-9.17	8e-04	10.77	1e-07	-5.97	1e+00	-5.48	1e+00	-3.86	1e+00	-4.70	1e+00	-6.23	1e+00
ENSMUSG00000030116	Mfap5	-9.20	3e-35	9.79	4e-61	-6.00	4e-05	-4.50	2e-02	-3.88	1e+00	-4.73	2e-01	-6.25	1e-05
ENSMUSG00000029661	Col1a2	-9.20	1e-102	9.10	7e-164	-6.38	6e-13	-6.89	1e-08	-4.41	5e-01	-5.85	7e-04	-7.96	5e-18
ENSMUSG00000042436	Mfap4	-9.41	6e-46	8.68	6e-76	-6.22	9e-07	-5.72	7e-04	-4.10	9e-01	-3.36	2e-01	-4.88	5e-06
ENSMUSG00000031375	Bgn	-9.80	5e-88	8.93	9e-144	-7.60	2e-13	-6.11	2e-07	-2.48	8e-01	-5.33	9e-04	-7.86	1e-15
ENSMUSG00000061816	Myl1	-9.93	6e-43	-3.55	8e-13	-4.41	2e-04	-6.24	2e-03	-4.61	1e+00	-5.46	9e-02	7.97	3e-74
ENSMUSG00000019929	Dcn	-10.72	3e-104	10.20	6e-170	-6.52	6e-13	-7.61	3e-09	-5.99	3e-01	-6.84	2e-04	-7.77	4e-17

This plot shows the Sequencing Saturation metric as a function of downsampled sequencing depth in mean reads per cell, up to the observed sequencing depth. Sequencing Saturation is a measure of the observed library complexity, and approaches 1.0 (100%) when all converted mRNA transcripts have been sequenced. The slope of the curve near the endpoint can be interpreted as an upper bound to the benefit to be gained from increasing the sequencing depth beyond this point. The dotted line is drawn at a value reasonably approximating the saturation point.

Sequencing Saturation

This plot shows the Median Genes per Cell as a function of downsampled sequencing depth in mean reads per cell, up to the observed sequencing depth. The slope of the curve near the endpoint can be interpreted as an upper bound to the benefit to be gained from increasing the sequencing depth beyond this point.

Number of Reads	84,512,390
Valid Barcodes	97.0%
Sequencing Saturation	66.0%
Q30 Bases in Barcode	97.4%
Q30 Bases in RNA Read	95.3%
Q30 Bases in Sample Index	92.1%
Q30 Bases in UMI	97.3%

Reads Mapped to Genome	95.3%
Reads Mapped Confidently to Genome	89.5%
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions	5.0%
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions	22.7%
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions	61.8%
Reads Mapped Confidently to Transcriptome	59.2%
Reads Mapped Antisense to Gene	1.1%

Estimated Number of Cells	1,011
Fraction Reads in Cells	89.4%
Mean Reads per Cell	83,592
Median Genes per Cell	2,058
Total Genes Detected	19,436
Median UMI Counts per Cell	7,610

Name	heart_1k_v3
Description	Cells from the whole heart of an E18 mouse
Transcriptome	mm10
Chemistry	Single Cell 3' v3
Cell Ranger Version	3.0.0

Estimated Number of Cells

Mean Reads per Cell

Median Genes per Cell

Sequencing

Mapping

Cells

Sample

Clustering Type:

t-SNE Projection of Cells Colored by UMI Counts

t-SNE projection of Cells Colored by Automated Clustering

Top Genes By Cluster (Log2 fold-change, p-value)

Sequencing Saturation

Median Genes per Cell